В лабораторной диагностике вирусных болезней точность диагноза, прежде всего, зависит от правильности взятия патологического материала, его транспортировки.

Для прижизненной диагностики пробы должны быть отобраны в начале заболевания, когда возбудитель в больших количествах выделяется от больного животного и не связан с антителами. От павших животных  биоматериал должен отбираться не позднее 2-3 часов после гибели или вынужденного убоя животных. Это связано с тем, что сразу после заболевания значительно ослабевает барьерная роль кишечника и происходит распространение кишечной флоры.

Допускается хранение отобранного патологического материала при температуре +4+6◦С в течение суток, при температуре -30◦С не более 10 дней. Пробы доставляют в термоконтейнере с хладоэлементами.

При взятии материала для выделения вируса следует исходить из патогенеза предполагаемой инфекции (входные ворота, пути распространения вируса в организме, места его размножения и пути выделения).

Так, на парагрипп-3 в лабораторию направляют для исследования патологический материал от больных животных (мазки со слизистой носовой перегородки для реакции иммунофлюоресценции), взятый  в  период максимального проявления у них клинических признаков. От павших и вынужденно убитых животных берут кусочки носовой перегородки, трахеи, легкого.

Для обнаружения ротавирусного и коронавирусного антигенов, в качестве испытуемого материала, используют фекалии больных телят, а также от павших животных,  лигированные  с двух сторон (примерно по 10-12 см) фрагменты тонкого и толстого кишечника с содержимым.

В качестве испытуемого материала, для обнаружения антигена вируса диареи, используют слизистую носовой перегородки, носа, миндалины, трахею, фрагменты тонкого и толстого кишечника погибших животных (отбор см. выше).